Parcours M2 : Université Lyon 1
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Université Claude Bernard Lyon 1, Laboratoire de biométrie et biologie évolutive (LBBE) UMR 5558
Web : lbbe.univ-lyon1.fr
Le M2 parcours EEG «Écologie, Évolution, Génomique» accueillera sa sixième promotion d’étudiants à la rentrée 2021. Vous trouverez toutes les informations nécessaires pour découvrir l’offre de formation, son fonctionnement, les modalités d’inscription et les débouchés.
Bonne lecture !
Table des matières
- Objectifs de la formation
- Contenu pédagogique et organisation des cours
- Le stage de recherche
- Organisation et évaluation
- Modalités d’admission et d’inscription
- Débouchés et insertion professionnels
- Suivez le M2R sur Facebook
Objectifs de la formation
Les mécanismes qui sous-tendent la diversité biologique et son évolution exigent d’appréhender les données biologiques à diverses échelles de temps — allant de périodes courtes comme l’impact humain sur les populations, à des échelles géologiques — ainsi qu’à travers différents espaces et niveaux d’organisation (séquences, gènes, génomes, organismes, populations, communautés, écosystèmes). Cette complexité nécessite des approches expérimentales complémentaires et multidisciplinaires et engendre de nouveaux concepts et données qui requièrent des cadres d’analyse et des méthodes adaptés.
L’objectif du master M2 EEG est de former, par la recherche, des spécialistes de la biologie évolutive qui maîtrisent à la fois les notions conceptuelles et les aspects expérimentaux des mécanismes et processus de l’écologie et de l’évolution.
Compétences et savoir-faire visés :
- Capacité de synthèse
- Démarche intégrative
- Restitution de résultats scientifiques (oral et écrit)
- Conduite d’un projet scientifique
- Travail en équipe
Originalités et forces :
- Accent sur l’interdisciplinarité afin de traiter des questions complexes à différents niveaux d’organisation.
- Formation soutenue par des structures de recherche reconnues nationalement et internationalement, offrant un large vivier de laboratoires pour le stage.
- Place importante accordée à la diversité des interlocuteurs locaux, des méthodologistes aux expérimentateurs à diverses échelles, couvrant une grande variété de modèles biologiques.
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Contenu pédagogique et organisation des cours
Semestre 1 (S3)
La formation s’appuie sur des experts scientifiques nationaux et internationaux. Des cycles de conférences interdisciplinaires sur des thématiques à la pointe de la recherche permettront aux étudiants de combiner leurs compétences en écologie et en génomique évolutive, ainsi que des aspects méthodologiques (UEs : Concepts AIEE et Transferts AIEE à l’application) et d’évaluer les apports de l’interdisciplinarité.
Trois UEs dédiées à l’insertion professionnelle sont proposées (Communication scientifique et Anglais et Projet tutoré). Cette dernière UE vise à aider les étudiants à s’approprier leur problématique de recherche, à constituer la bibliographie spécifique et à maîtriser des méthodes (par exemple statistiques) à mettre en œuvre lors du stage.
Trois UEs optionnelles complètent la formation et permettent une personnalisation du parcours. Par exemple, pour une approche plus écologique, on peut choisir Trajectoires Évolutives (TE), Biodiversité et Fonctionnement des Écosystèmes (BFE) et Modèles Statistiques pour la Biologie (MSB). Pour une approche plus transversale, TE, MSB et Génomique Populationnelle sont envisageables.
Pour le choix des options, il est recommandé d’échanger avec le responsable de la formation et votre encadrant de master afin de sélectionner celles qui répondent le mieux à vos besoins futurs et à votre projet professionnel.
- Trajectoires Evolutives
- Modèles Statistiques pour la Biologie
- Génomique Populationnelle
- Choix de 3 options (3 ECTS/option) parmi 7 proposées
- Biodiversité et Fonctionnement des Ecosystèmes
- Statistique Bayesienne
- Phylogénie et Evolution Moléculaire
- SIG et Analyses Spatiales
Schéma de l’offre de formation du semestre 1 du master 2 EEG@lyon (en bleu : UE obligatoires, en rose : optionnelles)
Semestre 2 (S4)
Ce semestre est consacré à un stage long et obligatoire (30 ECTS). Le stage donne lieu à la rédaction d’un rapport et à une soutenance orale.
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Le stage de recherche et les équipes d’accueil
Le stage offre une immersion dans le monde de la recherche. Le sujet et le laboratoire d’accueil doivent être validés par le responsable du M2.
Principales structures d’accueil rattachées au M2 EEG :
- UMR CNRS 5558 Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive, LBBE (site web public)
- UMR CNRS 5023 Laboratoire d’Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés, LEHNA
- UMR INRA 203 Laboratoire de Biologie Fonctionnelle Insectes et Interactions, BF2I
Autres équipes françaises ou étrangères (liste non exhaustive) : INRA Sophia Antipolis – équipe BPI, IRSTEA, Station d’Ecologie Expérimentale du CNRS à Moulis, UMR CNRS etc….
Offres de stage :
Pour obtenir des conseils, contacter le responsable du M2 et consulter les équipes des structures d’accueil. La liste des offres pour 2021-2022 est disponible à l’adresse suivante : http://pbil.univ-lyon1.fr/beelyon/stages
- Effets du pré-conditionnement de la litière terrestre sur sa décomposition dans les milieux aquatiques en rivière intermittente.
- Évolution moléculaire des protéines de reproduction chez les mammifères.
- Influence de la croissance sur la qualité de l’éjaculat chez l’homme.
- Comprendre les facteurs de variation des taux d’évolution phénotypique : approche comparative phylogénétique nouvelle.
- Reproduction des plantes pérennes : le niveau de synchronie entre les individus est-il lié à leur proximité génétique ?
- Traits d’histoire de vie et compromis évolutifs chez un rapace à fort enjeu de conservation, la chevêche d’Athéna.
- Rôle des vergers de pommiers dans le succès d’invasion de la mouche Drosophila suzukii.
- Effet de la pollution lumineuse nocturne sur l’expression des gènes horloges et l’activité des têtards de crapaud commun.
- Modélisation démo-génétique de populations de souris insulaires et co-évolution avec l’histoire humaine.
- Hérédité épigénomique des petits ARN comme base mécanistique de la spéciation chez Paramecium tetraurelia.
- Reconstruire la généalogie d’une population naturelle à partir de données démographiques.
- Les diatomées comme indicateur de la qualité écologique des cours d’eau intermittents.
- Proportion de fils et longévité maternelle chez l’espèce humaine.
- Approvisionnement de la punaise de lit et conséquences développementales.
- Virus et manipulation comportementale dans les systèmes hôtes/parasitoïdes.
- Domestication virale chez les insectes parasitoïdes du Costa Rica.
- Priming immunitaire chez le forficule européen.
- Coûts et bénéfices des soins parentaux chez les dermaptères.
- Décodage des conséquences phénotypiques et écophysiologiques de variations temporelles et de stress répétés chez Drosophila suzukii.
- Végétation aquatique dans les écosystèmes lentiques.
- Modélisation de la dynamique des agents pathogènes transmittibles par l’environnement à l’interface entre populations d’ongulés domestiques et sauvages.
- Réseau de communauté et risque leptospirosique.
- Évaluer la connectivité des prairies humides : approche écologique et génétique.
- Gènes impliqués dans un trait sexuellement antagoniste masculin.
- Modélisation d’un scénario de domestication et de diffusion du palmier-dattier.
- Évolution de la virulence des parasitoïdes face à la protection symbiotique de leurs hôtes.
- Autres propositions et mises à jour régulières — consulter fréquemment.
- Effets de la prédation sur l’utilisation de l’espace par le chevreuil et le chamois et implications écologiques.
- Impact des pratiques de gestion sur le cycle du carbone dans les étangs.
- Influence des dispersion et des pratiques de gestion sur la biodiversité des invertébrés dans les étangs.
- Évolution du fardeau génétique chez des insectes invasifs par des approches de génomique des populations.
- Lien micro- et macro-évolution des palmiers Geonoma dans les Néotropiques.
- Adaptations chez différentes races ovines de la zone méditerranéenne via un modèle d’allocation d’énergie.
- Origine et formation des bactériomes de sitophilus spp.
- Analyse de la structure du génome de Drosophila melanogaster.
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Organisation et évaluation
Chaque UE est suivie d’un examen et les notes sont communiquées individuellement. Le comité de direction du M2 est composé de chercheurs et enseignants-chercheurs issus des laboratoires partenaires et est chargé d’organiser les jurys et d’orienter les candidatures selon les projets des candidats.
Jury EEG : le jury, constitué en début d’année, regroupe environ 10 experts et délibère sur les épreuves de S3 et S4. Il évalue l’introduction du rapport, le rapport (Matériels & Méthodes, Résultats et Discussion) et la soutenance orale en juin. Chaque rapport est noté indépendamment par trois experts, avec des guides de rédaction et des grilles d’évaluation disponibles pour les étudiants et leurs encadrants.
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Modalités d’admission et d’inscription
L’admission en M2 est prononcée par une commission spécifique au parcours et nécessite un diplôme dans le domaine (M1, école d’ingénieur, etc.) et un dossier complet. La capacité d’accueil est limitée et dépend de la qualité du dossier et du projet professionnel.
L’étudiant doit obligatoirement solliciter un entretien avec le responsable du parcours avant l’inscription (entretien par téléphone ou visioconférence possible). Sans prise de contact, le dossier peut être refusé ou mis en liste d’attente.
Constitution du dossier :
Procédure officielle d’inscription et constitution du dossier sur eCandidat : https://ecandidat.univ-lyon1.fr/
Pour toute difficulté avec eCandidat, contacter la scolarité biosciences (service de scolarité) via le site institutionnel.
L’ensemble des documents à fournir vous sera indiqué dans la procédure d’inscription. L’obtention du stage n’est pas obligatoire pour l’inscription, mais est vivement conseillée. Les étudiants auront jusqu’en octobre pour trouver un laboratoire d’accueil pour ce stage. Une lettre d’acceptation d’une équipe de recherche s’engageant à vous prendre en stage sera demandée.
Tout dossier incomplet sera refusé (sauf les notes du semestre 2 de M1). Les notes du semestre 2 devront être envoyées rapidement à l’UFR Biosciences.
N’hésitez pas à contacter le responsable du M2 pour obtenir de l’aide dans la recherche de stage.
Calendrier des inscriptions pour la rentrée 2022 — à venir :
- Date d’ouverture des candidatures : [à confirmer]
- Date de clôture des candidatures : [à confirmer]
- Date de notification de la réponse : [à confirmer]
- Date butoir pour accepter ou refuser la proposition : [à confirmer]
Débouchés et insertion professionnelle
L’insertion professionnelle est au cœur de la formation, assurée par un enseignement approfondi de la communication scientifique, de la gestion de projet et de la réalisation d’un stage longue durée.
La formation prépare notamment :
- à l’entrée en écoles doctorales couvrant l’écologie, la biologie de l’évolution et la biodiversité, par exemple l’ED 341 E2M2
- aux métiers de la recherche dans les secteurs publics (universités, muséum, CNRS, INRA, IRD, IRSTEA, CIRAD, grandes écoles) et privés (protection des plantes et environnement, gestion des ressources biologiques, biovigilance, santé humaine et animale)
- à des métiers sollicitant une expertise en écologie et en évolution (PME/PMI, collectivités, État, etc.)
Des offres de thèses et d’emploi sont disponibles sur les sites suivants :
- Société Française d’Ecologie (SFE)
- Fondation pour la recherche sur la Biodiversité
- Sites et associations de diffusion : EvolFrance, Evoldir, Animal Behavior Society, Association Bernard Grégory, BioInsecte
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Descriptif des Unités d’enseignement
UE Approche interdisciplinaire en ecologie et evolution
Les étudiants assisteront à quatre cycles de conférences abordant des questions centrales en écologie, évolution et génomique, avec une perspective trans et interdisciplinaire. Ces séances mettent en évidence comment différentes approches et niveaux d’organisation renforcent la compréhension du vivant et ouvrent des axes de recherche futurs.
Génomique et traits d’histoire de vie
Les organismes vivant sont porteurs d’un récit historique enregistré dans leurs génomes. Ce module illustre comment les événements évolutifs et les conditions de vie influencent les génomes et leur fonctionnement, et réciproquement, comment l’analyse des génomes éclaire l’histoire du vivant. (Intervenants : [redacted])
Biologie de l’évolution et médecine
Les passerelles entre biologie évolutive et médecine se renforcent, notamment avec les avancées en génomique et la compréhension des mécanismes épigénétiques. L’objectif est de démontrer comment une approche écologique et évolutive peut éclairer les causes et traitements des pathologies et orienter des recherches futures. (Intervenants : [redacted])
Quand Claude Bernard rencontre Charles Darwin : intégration du réalisme physiologique dans l’évolution
Ce cycle explore l’apport des approches en écophysiologie, endocrinologie évolutive et éco-immunologie pour étoffer les modèles d’écologie comportementale et les compromis évolutifs, la sénescence et le budget énergétique. (Intervenants : [redacted])
When ecology meets evolution
Une vue émergente montre que écologie et évolution peuvent co‑construire le trait d’intérêt à un moment donné, plutôt que d’évoluer à des échelles temporelles séparées. Le cycle présente l’historique et les méthodes pour analyser cette dynamique éco-évolutive et résume les résultats clés à ce jour et les perspectives futures. (Intervenants : [redacted])
Des réactualisations et de nouveaux cycles seront proposés au fil des années.
UE AIEE : Transferts à l’application
Cette unité explore des concepts écologiques clés et leur mise en application pour la gestion écologique dans le cadre des directives européennes. Thématiques : conservation et suivi des populations, restauration des écosystèmes côtiers, connectivité et corridors écologiques. Chaque thème commence par une conférence introductive, suivie d’interventions d’experts et de professionnels autour de la valeur de la biodiversité et des modes d’action, de la gestion des habitats et de la zonation des espaces à protéger.
Équipe pédagogique : [redacted]
UE Communication scientifique savoir être et savoir faire
Objectif : doter les étudiants des compétences clés pour communiquer les résultats scientifiques, à l’écrit comme à l’oral, à des publics variés (chercheurs, gestionnaires, élus). Il s’agira d’apprendre à structurer et présenter des documents clairs et convaincants tout en respectant les bonnes pratiques scientifiques et en tenant compte du lecteur/auditeur. (8 h CM, 10 h TP)
Équipe pédagogique : [redacted]
UE Anglais
L’enseignement est assuré par le Service commun d’enseignement des langues et vise le niveau B1, avec pour objectif la maîtrise de la restitution scientifique d’un résumé ou d’un article et la construction d’un poster pour communiquer des résultats.
Le parcours a été choisi pour permettre l’accès à un niveau de certification élevé.
UE Projet tutoré pour l’insertion professionnelle
Le projet tutoré prépare à l’entrée en milieu professionnel (recherche académique, entreprises). Il s’agit d’un sujet de stage proposé par l’équipe pédagogique, un organisme d’accueil ou l’étudiant après consultation. Le projet comprend une initiation à la recherche bibliographique et l’appropriation des concepts et outils nécessaires à la réalisation du stage de recherche, et se solde par un compte rendu écrit (poster) et une présentation orale.
Gestion de projet et recherche bibliographique, Encadrement tutoré.
Équipe pédagogique : [redacted]
UE Trajectoires Évolutives
Comprendre les trajectoires évolutives des espèces est un enjeu central en écologie évolutive. Pour étudier l’évolution des adaptations, diverses approches de modélisation, largement utilisées en écologie comportementale, ont été développées. Ces approches prennent en compte la variabilité individuelle et permettent d’évaluer les conséquences écologiques et évolutives de cette variabilité.
Objectifs : initier les étudiants à ces approches et sensibiliser à l’importance de la variabilité individuelle.
Équipe pédagogique : [redacted]
UE Modèles statistiques pour la Biologie
La biologie évolutive et l’écologie visent à décrire et expliquer la variabilité observée dans les systèmes naturels. À partir de cas concrets et avec le logiciel R, cet enseignement illustre comment la statistique contribue à l’extraction d’informations pertinentes. Thèmes : modèles descriptifs, usages des modèles probabilistes pour des jeux de données multi-échelles, et critères d’information pour la sélection de covariables.
Équipe pédagogique : [redacted]
UE Genomique Populationnelle
Cette unité forme à l’analyse et à l’utilisation de données populationnelles à l’échelle des génomes, en abordant le rôle de l’épigénome et les interactions génome‑environnement dans l’évolution. Notions clés : évolution des génomes selon les systèmes de reproduction, épigénome à l’échelle des populations, et interactions génome‑environnement sur les traits d’histoire de vie.
Équipe pédagogique : [redacted]
UE Biodiversité et Fonctionnement des Ecosystèmes
Objectif : comprendre les mécanismes qui gouvernent la dynamique de la biodiversité à différentes échelles et son rôle dans le fonctionnement des écosystèmes. Points abordés : mesure et analyse de la biodiversité, échelles spatiales, liens entre biodiversité et perturbations, impacts du climat et invasions biologiques, et le rôle de la biodiversité dans les cycles biogéniques et les flux de matière.
Équipe pédagogique : [redacted]
UE Statistiques Bayésiennes et Applications
Objectif : initier à l’inférence bayésienne et maîtriser les outils techniques (BUGS/JAGS). Contenu : théorie de l’inférence bayésienne, méthodes et estimation, validation et comparaison de modèles, et mise en œuvre avec des études de cas.
Équipe pédagogique : [redacted]
UE Phylogénie et Évolution Moléculaire
À l’issue du module, l’étudiant maîtrise le développement en bioinformatique moléculaire, avec des volets sur l’évolution moléculaire, la phylogénie et des mini-projets en groupes d’étudiants. (Intervenants : [redacted])
Équipe pédagogique : [redacted]
UE SIG et Analyses Spatiales
Objectif : perfectionner les techniques SIG appliquées à l’analyse de données écologiques. Le programme comprend : fondements de l’information spatiale, prise en main du logiciel ARCGIS, traitements avancés (cartographie, chemins optimaux, modélisation d’habitats) et sorties de terrain avec collecte de données et analyse en salle.
Équipe pédagogique : [redacted]
Fin du contenu
- Une formation Université Lyon 1 - 17 mars 2026
- Bioévaluation des écosystèmes et expertise de la biodiversité (BEEB) - 17 mars 2026
- Ecologie, évolution, génomique (EEG) - 17 mars 2026
