génomique ENVIRONNEMENTALE (GE)
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Objectifs de la formation
Nous mesurons que notre connaissance de la biodiversité demeure fragmentaire à l’échelle planétaire. Certains milieux demeurent inaccessibles (par exemple les fonds océaniques), des groupes entiers du vivant restent à explorer (par exemple les archées), la majorité des associations symbiotiques demeure peu connue (par exemple les microbiomes), et même pour les pans de biodiversité les mieux connus, nos outils de suivi ne sont pas encore adaptés face aux défis actuels et futurs. Dans ce contexte, le développement récent de la génomique, et notamment les possibilités de séquençage à haut débit, offre un large éventail d’outils et de méthodes pour décrire la biodiversité, étudier son fonctionnement et comprendre son évolution. L’objectif du parcours GE est de former les étudiant.e.s aux outils de la génomique pour répondre aux défis écologiques contemporains.
Le contenu pédagogique du parcours GE@lyon vise à réunir et à combiner les compétences issues de trois disciplines: l’écologie, la génomique et la bioinformatique. Ces trois domaines seront abordés dans des enseignements du S1, S2 et S3, dans une logique de continuité pédagogique. L’un des objectifs centraux est de favoriser l’autonomie nécessaire à la conduite de projets de génomique environnementale. Cette autonomie se développera à travers des stages et des projets tutorés, et sera renforcée par trois UE successives (terrain et échantillonnage au S1 ; préparation des échantillons, biologie moléculaire et séquençage au S2 ; analyses bioinformatiques et communication des résultats sous forme d’article au S3), offrant aux étudiants une expérience complète, du début à la valorisation d’un projet de recherche réalisé en mode collaboratif. Dans toutes les UE, l’accent est mis sur la compréhension et la mise en pratique des approches enseignées (TD, TP). Les compétences bio-informatiques nécessaires à la conduite de projets de génomique environnementale sont introduites au cours du master, sans prérequis informatique pour intégrer ce parcours.
Débouchés
Le parcours GE vise à former des chercheurs et expertes capables de concevoir et de mener à bien un projet de génomique environnementale dans son intégralité : formuler une problématique écologique, développer un protocole d’échantillonnage, choisir les outils moléculaires, statistiques et bioinformatiques, puis analyser, interpréter et communiquer les résultats au regard de la problématique. Les opportunités professionnelles à la sortie du master sont variées, car ces compétences intéressent diverses structures :
- doctorat en écologie, évolution, génomique… (par exemple au sein de l’école doctorale E2M2)
- ingénieur.e sur des projets de recherche
- ingénieur.e sur des plateformes de génomique environnementale (publique ou privée)
- bureaux d’études en génomique environnementale ou environnement
- entreprises du secteur biomédical
L’atout majeur du parcours Génomique Environnementale (GE) réside dans une approche globale, avec l’apprentissage des compétences permettant une approche par projet de résolution de questions d’écologie intégrant des outils de génomique. Les compétences bio-informatiques acquises au cours de ce parcours seront fortement valorisées à l’issue du master, quel que soit le débouché choisi.
Contenu de la formation
Semestre 2
Le semestre 2 renforce les compétences en génomique, en bioinformatique, en écologie microbienne et en biologie moléculaire (préparation et séquençage des échantillons prélevés au S1); il met également les étudiant.e.s en situation d’autonomie sur un projet tutoré et un stage.
Approfondissement des connaissances en génomique pour l’écologie et l’évolution : dynamique d’évolution des génomes (impact des transferts horizontaux, effets de la recombinaison, insertion d’éléments mobiles) et reconstruction de l’histoire évolutive des populations.
Une UE de Biologie Moléculaire afin de développer des approches allant de la génomique à la métagénomique : préparation et séquençage des échantillons prélevés au S1.
Un enseignement spécialisé sur la microbiologie environnementale.
Une UE de Programmation pour la Biologie (apprentissage de Python, accès à un serveur distant, manipulation de gros jeux de données), complétée par une UE de bioinformatique pour apprendre à traiter des données de génomique et transcriptomique.
Mise en autonomie sur un projet tutoré ainsi qu’un stage de 7 semaines.
Master 2
Approfondissement des connaissances en génomique en écologie et évolution.
Analyse bioinformatique des données de séquençage obtenues au S2 et communication des résultats dans l’UE Ateliers d’analyses en génomique environnementale.
Ouverture scientifique sur des grandes questions en écologie – séminaires de recherche, en anglais, par des spécialistes français et étrangers.
Présentation de la métagénomique / métatranscriptomique comme discipline émergente: portée, limites et défis; et analyse de données.
Choix d’une UE parmi 2 options : Phylogénomique (reconstruction d’arbres, écologie évolutive) ou Biodiversité et Fonctionnement des Écosystèmes (écologie trophique et fonctionnelle).
Le S4 sera consacré entièrement au stage de longue durée (5 mois), effectué en laboratoire de recherche ou en entreprise.
- Une formation Université Lyon 1 - 17 mars 2026
- Bioévaluation des écosystèmes et expertise de la biodiversité (BEEB) - 17 mars 2026
- Ecologie, évolution, génomique (EEG) - 17 mars 2026
