Parcours
ECOLOGIE, EVOLUTION, GENOMIQUE (EEG)
Université Lyon 1
Contacts :
- Responsable du parcours : non divulgué
- Secrétariat : Université Claude Bernard Lyon 1 — Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive (LBBE) UMR 5558
Le Master BEE parcours EEG «Écologie, Évolution, Génomique» accueillera sa 8ème promotion d’étudiants à la rentrée 2023. Vous trouverez toutes les informations nécessaires pour découvrir l’offre de formation, son fonctionnement, les modalités d’inscription et les débouchés.
Bonne lecture !
Table des matières
- Objectifs de la formation
- Contenu pédagogique et organisation des cours
- Le stage de recherche
- Organisation et évaluation
- Modalités d’admission et d’inscription
- Débouchés et insertion professionnels
Objectifs de la formation
Les mécanismes qui sous-tendent la diversité biologique et son évolution nécessitent d’appréhender la donnée biologique à différentes échelles de temps — de l’échelle brève telle que l’impact de l’homme sur les populations, à des temps géologiques, d’espace et de niveaux hiérarchisés d’organisation (séquences, gènes, génomes, organismes, populations, communautés, écosystèmes). Cette complexité requiert des approches expérimentales complémentaires et multidisciplinaires et génère de nouveaux concepts et données nécessitant une grille de lecture et des méthodes appropriées.
L’objectif du parcours « EEG » du Master BEE est de former à et par la recherche des spécialistes de la biologie évolutive qui possèdent une maîtrise conceptuelle et expérimentale des mécanismes et processus de l’écologie et de l’évolution.
Compétences et savoir-faire visés
- Capacité de synthèse
- Démarche intégrative
- Restitution de résultats scientifiques (orale et écrite)
- Conduite d’un projet scientifique
- Travail en équipe
Originalités et forces
- Accent mis sur l’interdisciplinarité : une nécessité pour aborder les questions complexes à différents niveaux d’organisation.
- Formation adossée à des structures de recherche reconnues nationalement et internationalement. Ces laboratoires constituent un large vivier d’équipes d’accueil pour le stage du M2.
- Diversité des interlocuteurs locaux allant des méthodologistes (mathématiciens, informaticiens, algorithmiciens, statisticiens, modélisateurs…) aux expérimentateurs à différentes échelles et travaillant sur une grande diversité de modèles biologiques.
Contenu pédagogique et organisation des cours
MASTER 1 – SEMESTRE 2
Le semestre 2 (faisant suite au semestre 1) se compose de 6 UE dont une pour laquelle deux choix sont possibles (« Biologie de la conservation » ou « Génomique 2 et Programmation pour la biologie »). Ce semestre se termine par un stage de deux mois dans un laboratoire de recherche en France ou à l’étranger. Ce stage peut être effectué au sein d’un organisme public ou privé. Le sujet de stage doit être en lien avec le projet professionnel de l’étudiant.e et doit lui permettre de mobiliser les compétences acquises au cours de sa formation.
MASTER 2 – SEMESTRE 3
La formation dispensée fera appel à des experts scientifiques nationaux et internationaux. Des cycles de conférences interdisciplinaires sur des thématiques au front de la recherche scientifique permettront aux étudiants de combiner leurs compétences en écologie et génomique évolutives, et méthodologie (UE AIEE Concepts) et de juger les apports de l’interdisciplinarité.
- 2 UEs dédiées à l’insertion professionnelle sont proposées (Anglais et Projet tutoré).
- 3 UEs optionnelles complètent la formation académique et permettent à chacun d’individualiser son parcours de formation. Par exemple, si la formation souhaitée se veut plus proche de l’écologie, l’étudiant pourra choisir Biodiversité et Fonctionnement des Écosystèmes et Statistiques Bayésiennes. Si une formation plus transversale est recherchée, l’étudiant peut opter par les UEs Statistiques Bayésiennes et Phylogénomique et Evolution Moléculaire.
Pour le choix des options, il est conseillé de discuter avec le responsable de la formation et votre encadrant de master afin de choisir celles qui correspondent le mieux à vos besoins futurs et votre projet professionnel.
MASTER 2 – SEMESTRE 4
Il est consacré à un stage obligatoire de longue durée (30 ECTS). Ce stage fait l’objet de la rédaction d’un rapport (voir organisation et évaluation) et d’une soutenance orale.
Le stage de recherche et les équipes d’accueil
Le stage permet une immersion dans le monde de la recherche. Pour chaque étudiant, le sujet du stage et le choix du laboratoire devront être validés par les responsables du M2.
Principales structures d’accueil rattachées au M2 EEG :
- UMR CNRS 5558 Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive, LBBE
- UMR CNRS 5023 Laboratoire d’Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés, LEHNA
- UMR INRA 203 Laboratoire de Biologie Fonctionnelle Insectes et Interactions, BF2I
Autres équipes françaises ou étrangères : INRA Sophia Antipolis ; équipe BPI, IRSTEA, Station d’Ecologie Expérimentale du CNRS à Moulis, UMR CNRS et autres structures (liste indicative).
Offres de stage de M2
Demandez des conseils à la responsable du M2 et consultez les équipes des structures d’accueil. La liste des offres pour 2023-2024 est régulièrement mise à jour :
- Etude des voies de signalisation impliquées dans la régulation de la dynamique symbiotique chez un insecte ravageur des cultures
- Protection intégrée des céréales à paille. Protocoles d’expérimentations en conditions contrôlées sur les insectes vecteurs de viroses
- Does metabolic scaling optimize fitness? A test based on Dynamic Energy Budget theory.
- Annotation et analyse évolutive des gènes responsables du parfum de la lavande laineuse
- Caractérisation de l’évolution du fardeau génétique chez des insectes envahissants, par des approches de génomique des populations
- Contrôle du ravageur invasif Drosophila suzukii par interférence reproductive interspécifique
- Effets de la diversité intra- et inter-spécifique et des phases du cycle de vie sur la dynamique du recrutement des communautés microbiennes chez Pisum spp.
- Genomic determinants of adaptation to host species in a population of the phytopathogenic fungus Zymoseptoria tritici
- Le silure aux abords des ouvrages de franchissement en grandes rivières : facteurs biotiques et abiotiques de présence et analyse comportementale
- Bases génétiques de l’adaptation locale et vulnérabilité génomique chez l’ancêtre sauvage du navet, Brassica rapa
- Recherche des déterminants génomiques de la diversité phénotypique chez les mammifères
- Does regeneration re-use developmental gene regulatory networks?
- Deciphering the origins of phototrophy in Pseudomonadota using genomic data
- Apprentissage chez un insecte ravageur, Drosophila suzukii: contexte et importance
- Contraintes du milieu et modules trophiques aquatiques
- Méta-analyse du rôle des odeurs de fleurs dans les interactions plantes-pollinisateurs
- Phylogenetic inference in recombinant sequences with Hidden Markov Models
- Analyse statistique du compromis croissance-reproduction chez les Chênes
- Influence des communautés fongiques sur l’absorption de métaux lourds par les plantes
- Patterns of senescence in Elephas maximus
- Characterization of transposable element expression patterns and their role in genomic stability during speciation in Ficedula flycatchers
- Effets génétiques indirects vs effets environnementaux chez une espèce de mammifère social
- Modeling the effects of plant-fire and plant-nutrient feedbacks on succession dynamics and ecosystem functioning
- Investigation of the role of splicing variants in the context of speciation
- Dynamique évolutive des structures génomiques en une et trois dimensions
- What are the most important factors shaping home range size in Felids globally ?
- The role of CpG islands in recombination rate regulation in a passerine bird
- Detection of balancing selection in Ficedula flycatchers
- Influence de la bactérie Wolbachia sur les limites thermiques du ravageur de cultures Drosophila suzukii
- Étude de l’héritabilité et de la sélection sur le comportement de dispersion dans une population naturelle de lézard vivipare
- Quantification du processus d’évolution régressive à l’échelle génomique lors de la colonisation du milieu souterrain
- Évaluation de la résistance du pois aux pucerons au champ et en conditions contrôlées
- Response of plant metabolome to rising temperatures in aquatic plants of the sub-Antarctic region
- Des souris et des hommes : Phéno/Génotypage nouvelle génération pour comprendre l’adaptation de la souris à l’anthropisation
- Paysages énergétiques et utilisation de l’habitat: le case du cerf en Corse
- The role of DNA methylation in the symbiosis between a cereal weevil and its endosymbiotic bacteria
- Deciphering the molecular dialogue between the mutualistic symbiosis between the cereal weevil Sitophilus oryzae and the endosymbiotic bacteria Sodalis pierantonius
- Dissecting the developmental origin and formation of the symbiont bearing-organ in the insect Sitophilus spp
- Fonction(s) des peptides antimicrobiens dans la symbiose mutualiste entre le charançon des céréales Sitophilus oryzae et la bactérie endosymbiotique Sodalis pierantonius
Organisation et évaluation
Chaque UE sera suivie d’un examen et les notes sont communiquées individuellement aux étudiants.
Jury du M2 EEG : Le jury est constitué en début d’année et comprend environ 10 experts. Il délibère sur les épreuves de S3 et S4 et assure l’évaluation de l’introduction du rapport de recherche, du rapport (Matériels & Méthodes, Résultats et Discussion) et de la soutenance orale en juin. Chaque rapport est évalué par 2 experts indépendants. Des guides de rédaction et des grilles d’évaluation sont disponibles pour les étudiants et leurs encadrants.
Grilles d’évaluation et d’aide à la rédaction : Pour guider les candidats dans la rédaction de leur rapport et la préparation de l’oral, les grilles utilisées par le jury sont partagées avec les étudiants du M2.
Modalités d’admission et d’inscription
L’admission en M2 est prononcée par une commission d’admission propre au parcours et composée des membres de l’équipe pédagogique. L’admission dépend de la possession d’un diplôme pertinent dans le domaine de l’écologie et du dépôt d’un dossier complet. La capacité d’accueil étant limitée, l’admission tient compte de la qualité du dossier et du projet professionnel.
L’étudiant devra solliciter un entretien avec le responsable du parcours avant l’inscription. En l’absence de prise de contact, le dossier peut être refusé ou placé en liste d’attente.
Constitution du dossier
En cas de difficultés, contacter la scolarité de l’UFR Biosciences. L’ensemble des documents à fournir sera précisé dans la procédure d’inscription. L’obtention du stage n’est pas obligatoire mais fortement conseillée. Les étudiants auront jusqu’en octobre pour trouver un laboratoire d’accueil. Une lettre d’acceptation d’une équipe de recherche sera demandée.
Tout dossier incomplet sera refusé (sauf pour les notes du semestre 2 de M1). Les notes du semestre 2 devront être transmises rapidement à l’UFR Biosciences.
N’hésitez pas à contacter la responsable du parcours pour vous aider dans votre recherche de stage.
Débouchés et insertion professionnelle
L’insertion professionnelle est au cœur de la formation. Elle est assurée via une formation approfondie à la communication scientifique, à la gestion de projet et à la réalisation d’un stage longue durée. Cette formation prépare :
- à l’entrée dans les écoles doctorales couvrant l’écologie, la biologie de l’évolution et la biodiversité
- aux métiers de la recherche dans les secteurs publics et privés
- aux métiers sollicitant une expertise scientifique en écologie et en évolution
Diverses offres de thèses et d’emplois se retrouvent sur des sites et associations dédiés à l’écologie et à la biodiversité.
Descriptif des Unités d’enseignement
MASTER 1 – SEMESTRE 2
UE écologie, évolution quantitatives
Objectif : présenter, au travers des questions de Biologie Évolutive, différents modèles statistiques et dynamiques permettant d’analyser des données issues de la littérature scientifique. Trois blocs :
- Processus évolutifs et évolution des génomes (modélisation par chaînes de Markov)
- Données issues de suivis temporels et d’écologie spatiale (autocorrélation spatiale et temporelle)
- Outils de modélisation pour la dynamique des populations et les modèles de survie
UE biologie du comportement
Objectif : apporter des bases théoriques et pratiques à l’étude de la biologie et de l’écologie du comportement, en abordant les bases mécanistiques (génétique et apprentissage), les stratégies sous sélection et leurs implications évolutives, les interactions proie-prédateur, l’évolution de la communication et de la sociabilité, et les approches modélisatrices. L’UE met l’accent sur la démarche hypothético-déductive, les TP et l’application à la gestion et à la conservation.
UE One Health
L’UE One Health est un programme transdisciplinaire qui aborde les défis de la santé à l’interface humaine, animale et écosystèmes, dans un contexte de croissance démographique et d’empreinte humaine accrue. L’enseignement commence par un cours magistral de 3 h sur le concept et se poursuit par deux volets illustratifs : résistance aux antibiotiques et invasions biologiques.
UE Biologie de la conservation
Portée sur le versant biologique de la conservation, centrée sur les populations et les stratégies de gestion des milieux, avec intégration démographique, génétique des populations et écologie comportementale pour documenter le statut de conservation et prédire les altérations liées à la fragmentation et à d’autres facteurs, en tenant compte de la connectivité des paysages.
UE génomique en écologie et evolution 2
Dynamique des génomes : taille des génomes, éléments transposables, duplications; transfert horizontal; recombinaison et évolution du génome; reconstruction de l’histoire évolutive et détection de la sélection.
UE programmation pour la biologie
Objectif : donner aux biologistes une autonomie en bioinformatique pour développer des outils adaptés à leurs problématiques et traiter leurs données, avec une pratique informatique centrée sur la manipulation de données et la génétique des populations.
UE projet tutoré
Projet collaboratif en petits groupes axé sur l’élaboration d’un cahier des charges, le développement et le rendu des livrables, afin de développer des compétences conceptuelles, méthodologiques et pratiques et la collaboration en équipe.
MASTER 2 – SEMESTRE 3
UE approche interdisciplinaire en écologie et évolution
Preambule : cette UE fait appel à des notions complexes et recommande la lecture d’articles scientifiques, avec des lectures transversales et interdisciplinaires. Objectifs : présenter des cycles de conférences sur des questions majeures et actuelles et montrer comment la prise en compte de différents niveaux d’organisation et d’approches interdisciplinaires enrichit la compréhension du vivant et ouvre des axes de recherche futurs.
Thèmes et organisation
Thème 1 : Epistémologie dans les sciences de l’évolution (8 h) – approche critique et synthèse des théories et concepts, avec des intervenants invités. Thème 2 : Approche intégrative du processus de sénescence – quatre interventions illustrant l’interdisciplinarité; Thème 3 : Biodémographie évolutive – concepts et outils pour étudier les dynamiques éco-évolutives; Thème 4 : Plasticité phénotypique, évolution et épigénétique – clarifier la notion et les mécanismes sous-jacents.
UE Anglais
Service des Langues pour atteindre le niveau B1, avec maîtrise de la communication scientifique et du résumé d’articles.
UE Projet tutoré pour l’insertion ProfesSionNelle
Prépare à l’insertion professionnelle via la bibliographie, les concepts et outils pour le stage, avec un compte rendu et une présentation orale.
UE TrajecToires Evolutives
Comprendre comment la sélection écologique mène à des changements dans les traits, via l’étude de l’architecture génétique, de la plasticité transgénérationnelle et des conditions précoces de la vie, etc.
UE Modèles statistiques pour la Biologie
Initiation à la statistique en biologie avec R : modèles descriptifs, modèles probabilistes et critères d’information pour la sélection des covariables.
UE Genomique en ecologie et evolution 3
Génomique comparative, évolution des séquences codantes et non codantes, relation génotype/phénotype/environnement, épigénomique populationnelle et études de reproduction et pangénomes.
UE Biodiversité et Fonctionnement des Ecosystemes
Comprendre les mécanismes impliqués dans la dynamique de la biodiversité et son rôle dans les écosystèmes, avec des focus sur la biodiversité, les échelles spatiales, les perturbations et les invasions biologiques, et les services écosystémiques.
UE Statistiques Bayésiennes et applications
Initiation à l’inférence bayésienne et aux outils comme BUGS/JAGS, distinction entre inférence bayésienne et fréquentiste, estimation et validation de modèles.
UE Phylogénomique et Évolution Moléculaire
Phylogénie moléculaire et travaux pratiques avec RevBayes pour construire des modèles et les appliquer à des données moléculaires réelles. Contenu : évolution moléculaire, phylogénie, travaux pratiques sur l’évolution des séquences et datation moléculaire, avec des mini-projets individuels.
Mini-projets individuels
Projets pratiques en continuité des travaux pratiques.
- Une formation Université Lyon 1 - 17 mars 2026
- Bioévaluation des écosystèmes et expertise de la biodiversité (BEEB) - 17 mars 2026
- Ecologie, évolution, génomique (EEG) - 17 mars 2026
