Master 2 Écologie, Évolution et Génomique

Écologie, évolution, génomique (EEG)

Parcours M2 – Le parcours EEG est proposé par l’Université Lyon 1 et ses partenaires. Le M2 EEG accueillera sa première promotion à la rentrée 2016. Vous trouverez ci-dessous les informations essentielles sur l’offre de formation, son fonctionnement, les modalités d’inscription et les débouchés.

Bonne lecture !

Table des matières

Objectifs de la formation
Contenu pédagogique et organisation des cours
Le stage de recherche
Organisation et évaluation
Modalités d’admissions et d’inscriptions
Débouchés et insertion professionnels
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Objectifs de la formation

Les mécanismes qui sous-tendent la diversité biologique et son évolution nécessitent d’appréhender les données biologiques à différentes échelles temporelles – des échelles courtes liées à l’impact humain jusqu’aux temps géologiques – ainsi que l’espace et les niveaux hiérarchisés d’organisation (séquences, gènes, génomes, organismes, populations, communautés, écosystèmes). Cette complexité impose des approches expérimentales complémentaires et multidisciplinaires et génère de nouveaux concepts et données nécessitant une grille de lecture et des méthodes adaptées.

L’objectif du parcours EEG est de former des spécialistes de la biologie évolutive, capables de maîtriser les mécanismes et processus de l’écologie et de l’évolution, tant sur le plan conceptuel que expérimental.

Compétences et savoir-faire visés :

Capacité de synthèse
Démarche intégrative
Restitution de résultats scientifiques (oral et écrit)
Conduite d’un projet scientifique
Travail en équipe

Originalités et forces de la formation

Accent sur l’interdisciplinarité pour aborder des questions à différents niveaux d’organisation
Formation soutenue par des structures de recherche reconnues nationalement et internationalement, offrant un large vivier pour les stages
Diversité des interlocuteurs locaux, allant de la méthodologie (mathématiques, informatique, statistique, modélisation) à l’expérimentation sur une diversité de modèles biologiques

Contenu pédagogique et organisation des cours

Semestre 1 (S3)

La formation s’appuie sur des experts scientifiques nationaux et internationaux. Des cycles de conférences interdisciplinaires aborderont des thématiques à l’avant-garde de la recherche et permettront de combiner compétences en écologie et génomique évolutive avec des approches méthodologiques (UEs : AIEE Concepts et AIEE transferts à l’application) et d’évaluer les apports de l’interdisciplinarité.

Trois UEs dédiées à l’insertion professionnelle sont proposées (Communication Scientifique et Anglais et Projet tutoré). Cette dernière UE aide les étudiants à s’approprier leur problématique de recherche, à exploiter la bibliographie et à maîtriser des méthodes (par ex. statistiques) à mettre en œuvre lors du stage.

Trois UEs optionnelles complètent la formation et permettent d’individualiser le parcours. Par exemple, pour une approche plus axée sur l’écologie, l’étudiant peut choisir Trajectoires Evolutives (TE), Biodiversité et Fonctionnement des Écosystèmes (BFE) et Modèles Statistiques pour la Biologie (MSB). Pour une formation plus transversale, il est possible d’associer TE, MSB et Génomique Populationnelle.

Pour le choix des options, il est conseillé de discuter avec le responsable de la formation et l’encadrant de master afin de sélectionner celles qui répondent le mieux à vos besoins futurs et à votre projet professionnel.

Trajectoires Evolutives
Modèles Statistiques pour la Biologie
Génomique Populationnelle
Biodiversité et Fonctionnement des Ecosystèmes
Statistique Bayesienne
Phylogénie et Evolution Moléculaire
SIG et Analyses Spatiales

Schéma indicatif de l’offre de formation du semestre 1 du master 2 EEG (en bleu : UE obligatoires, en rose : optionnelles).

Semestre 2 (S4)

Ce semestre est consacré à un stage obligatoire de longue durée (30 ECTS). Le stage donne lieu à la rédaction d’un rapport et à une soutenance orale.

Le stage de recherche et les équipes d’accueil

Le stage offre une immersion dans le monde de la recherche. Pour chaque étudiant, le sujet du stage et le choix du laboratoire devront être validés par les responsables du M2.

Principales structures d’accueil affiliées au M2 EEG :

Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive (LBBE) – UMR CNRS 5558
Laboratoire d’Écologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés (LEHNA) – UMR CNRS 5023
Laboratoire de Biologie Fonctionnelle Insectes et Interactions (BF2I) – UMR INRA 203

Autres équipes françaises ou étrangères (liste non exhaustive) : INRA Sophia Antipolis – équipe BPI, IRSTEA, Station d’Écologie Expérimentale du CNRS à Moulis, CNRS, et d’autres partenaires.

Offres de stage : demandez des conseils au responsable du M2 et consultez les structures d’accueil. La liste des offres (et leur détail) est accessible sur le site institutionnel.

Exemples de thèmes (sans noms personnels) :

Trajectoires évolutives et histoire de vie chez des modèles biologiques
Domestication de gènes viraux chez des hyménoptères parasites
Origine et conséquences de l’asexualité dans les symbioses insectes-Wolbachia
Température et efficacité des bacté ries symbiotiques dans des espèces invasives
Contrôle des éléments transposables par les petits ARN
Co-évolution des stratégies de fructification et exploitation des fruits par des insectes phytophages
Plasticité intra- et trans-générationnelle et défenses induites
Dynamique évolutive de populations et effets du phylogénie et de l’environnement

Cette liste est régulièrement mise à jour. N’hésitez pas à la consulter fréquemment.

Organisation et évaluation

Chaque UE fait l’objet d’un examen et les notes sont communiquées individuellement.

Comité de direction du M2 : Ce comité, rattaché au master, comprend des chercheurs et enseignants-chercheurs des laboratoires impliqués dans la formation et assure notamment la formation des jurys et l’orientation des candidatures vers les structures d’accueil en lien avec le projet des candidat·e·s.

Jury EEG et évaluation

Le jury du M2 EEG est constitué en début d’année et comprend des experts dont les compétences couvrent les thématiques de recherche des étudiants. Il délibère sur les épreuves des semestres S3 et S4 et supervise l’évaluation : introduction du rapport de recherche, rapport (Matériels & Méthodes, Résultats et Discussion) et soutenance orale en juin. Chaque rapport est évalué par trois experts indépendants. Des guides de rédaction et des grilles d’évaluation sont disponibles pour les étudiants et leurs encadrants.

Grilles d’évaluation et d’aide à la rédaction : des supports pour guider la rédaction et la préparation de l’oral sont mis à disposition des étudiantes et étudiants.

Modalités d’admission et d’inscriptions

L’admission est prononcée par une commission d’admission dédiée au parcours et requiert l’obtention d’un diplôme dans le domaine de l’écologie, ainsi que le dépôt d’un dossier complet. La capacité d’accueil étant limitée, l’admission dépend de la qualité du dossier et du projet professionnel.

L’étudiant doit impérativement solliciter un entretien avec le responsable du parcours avant l’inscription (par téléphone ou visioconférence). En l’absence de ce contact, le dossier est mis sur liste d’attente.

Débouchés et insertion professionnelle

L’insertion professionnelle est au cœur de la formation et se concrétise par une formation approfondie en communication scientifique, en gestion de projet et par la réalisation d’un stage longue durée.

La formation prépare notamment à :

l’entrée dans des écoles doctorales couvrant l’écologie, la biologie de l’évolution et la biodiversité (par exemple ED 341 E2M2)
des métiers de la recherche dans les secteurs public et privé (universités, CNRS, INRA, IRD, IRSTEA, CIRAD, grandes écoles, etc.)
des métiers requérant une expertise scientifique en écologie et en évolution (PME-PMI, collectivités, État, etc.)

Des offres de thèses et d’emploi sont diffusées via divers sites et fondations dédiés à la biodiversité et à l’écologie.

Suivez le M2 EEG sur Facebook : des informations seront bientôt publiées sur le compte dédié au Master EEG.

Descriptif des Unités d’enseignement

UE Approche Interdisciplinaire en Ecologie et Evolution

Quatre cycles de conférences introduisent des approches trans- et inter-disciplinaires sur des questions clés en écologie, évolution et génomique. Elles montrent comment la prise en compte de différents niveaux d’organisation et de diverses approches peut enrichir la compréhension du vivant et ouvrir des axes de recherche futurs.

Génomique et traits d’histoire de vie

Les organismes portent l’empreinte d’un parcours historique enregistré dans leurs génomes. Le module illustre comment l’histoire évolutive et les conditions de vie influencent les génomes et, réciproquement, comment l’analyse des génomes révèle l’histoire du vivant.

Biologie de l’Évolution et Médecine

Les passerelles entre biologie évolutive et médecine se renforcent, mettant en évidence des liens entre génomique, résistances, microbiote, épigénétique et épistémologie des pathologies. L’objectif est de montrer comment une réflexion écologique et évolutive peut éclairer les causes et traiter les pathologies ou orienter les recherches vers de nouvelles directions.

Quand Claude Bernard rencontre Charles Darwin

Les avancées en écophysiologie et endocrinologie évolutive apportent du réalisme dans les modèles d’écologie comportementale et d’évolution, éclairant les compromis évolutifs et la théorie du budget énergétique.

When ecology meets evolution

Ce cycle explore l’idée que l’écologie et l’évolution peuvent co‑ intervenir pour façonner la distribution d’un trait à un instant donné, notamment dans le contexte du changement climatique et des perturbations environnementales, en présentant l’historique, les méthodes et les résultats actuels du domaine.

Des actualisations et de nouveaux cycles seront proposés au fil du temps.

UE AIEE: Transferts à l’application

Cette unité aborde des concepts écologiques clés et leur application pour la gestion écologique, en lien avec les Directives Européennes. Thématiques abordées : conservation et suivi de populations, restauration des écosystèmes côtiers, connectivité et corridors écologiques.

UE Communication scientifique savoir‑être et savoir‑faire

Objectif : transmettre les clés de diffusion écrite et orale des résultats de recherche à différents publics (chercheurs, gestionnaires, collectivités). Il s’agit d’apprendre à structurer et présenter des documents clairs et convaincants, en utilisant des supports adaptés et dans le respect des bonnes pratiques scientifiques.

UE Anglais

Enseignement assuré par le service linguistique pour viser le niveau B1 (dispositif en cours de mise en place).

UE Projet tutoré pour l’insertion Professionnelle

Le projet tutoré prépare à l’insertion en milieu professionnel (recherche ou secteur privé). Le sujet de stage peut être proposé par l’équipe pédagogique, par un organisme d’accueil ou par l’étudiant après concertation. Le projet comprend une initiation à la recherche bibliographique et l’appropriation des concepts et outils nécessaires à la réalisation du stage. Le travail se conclut par un compte rendu écrit (poster) et une présentation orale.

Gestion de projet et recherche bibliographique; Encadrement tutoré

UE Trajectoires Evolutives

Comprendre les trajectoires évolutives des espèces et les implications de la variabilité individuelle sur l’évolution des adaptations, via des approches de modélisation couramment utilisées en écologie comportementale.

Unités de sélection
Notion de paysage adaptatif et de paysage de fitness
Dynamique adaptative et IPM (Integral Projection Model)
Variabilité inter-individuelle et spécialisation de niche

UE Modèles statistiques pour la Biologie

Orientation sur l’usage de statistiques et du logiciel R pour interpréter la variabilité des systèmes naturels, à partir d’études de cas et d’exercices pratiques (descriptions, modèles probabilistes, critères d’information).

UE Genomique Populationnelle

Formation à l’analyse et l’utilisation de données populationnelles à l’échelle des génomes, avec l’examen du rôle de l’épigénome et des interactions génome x environnement dans l’évolution. Notions clés : reproduction et évolution des génomes, épigénome à l’échelle populationnelle, épigénétique quantitative, génomique et écologie.

UE Biodiversité et Fonctionnement des Écosystèmes

Approche des mécanismes de la biodiversité et de son rôle dans le fonctionnement des écosystèmes, en couvrant la mesure de la biodiversité, les échelles spatiales, les liens avec les perturbations et le rôle des interactions trophiques et des traits fonctionnels.

UE Statistique Bayésienne

Introduction à l’inférence bayésienne et à l’utilisation d’outils comme BUGS/JAGS, avec des cas pratiques et la comparaison de modèles.

UE Phylogénie et Evolution Moléculaire

Contenu à venir.

UE SIG et Analyses Spatiales