Modalités d’admission et d’inscription
La sélection s’appuie sur le dossier scolaire et le projet professionnel des candidats.
Plateforme de candidature : ecandidat.
Toutes les dates utiles sont indiquées sur le site ecandidat :
- Ouverture des candidatures : 24 avril 2021
- Clôture des candidatures : 1 juin 2021
- Notification des réponses : 21 juin 2021
- Date limite d’acceptation ou de refus de l’offre : 5 juillet 2021
Contenu pédagogique et organisation des enseignements
Semestre 1
Le premier semestre propose un socle commun couvrant les notions essentielles en écologie, en évolution et en biodiversité. Ce socle repose sur trois UE obligatoires : Concepts en Ecologie et Evolution, Analyses de Données Biologiques (ABD) et Technologies d’Acquisition de Données (TAD). Une particularité du master BEE@LYON est de proposer des enseignements différenciés dans les UE méthodologiques ABD et TAD afin d’adapter les compétences aux parcours des étudiantes et étudiants et à la spécificité de leur projet professionnel.
En parallèle, les étudiantes et étudiants peuvent choisir 2 UE optionnelles pour approfondir soit l’approche génomique en écologie et en évolution (Génétique et Génomique Evolutive), soit le fonctionnement des écosystèmes et l’analyse des patrons de biodiversité (UE Fonctionnement des Ecosystèmes).
Le semestre 1 est complété par 2 UE transversales à l’ensemble des masters de l’université : Anglais et Insertion Professionnelle.
Semestre 2
Le semestre 2 offre le choix de 4 UE optionnelles parmi 8 et prévoit un stage d’orientation obligatoire de 8 semaines. L’offre d’UE optionnelles est variée et couvre des domaines allant de l’écologie fonctionnelle à la génomique évolutive, avec des approches allant de la modélisation et l’analyse à différents niveaux d’intégration (gènes, individus, populations, communautés et écosystèmes) et des approches plus empiriques (expérimentation, suivi de terrain, naturaliste).
Les UE optionnelles sont organisées en quatre paires (UE1-UE4) ; pour chaque paire, l’étudiant choisit l’une des deux options. Dans chaque paire, une UE est proposée soit axée sur les aspects évolutifs ou de modélisation, soit orientée vers les aspects écologiques ou opérationnels. En fonction du projet professionnel, l’étudiant peut adapter son choix pour donner une orientation plutôt orientée Master 2 EEG ou Master 2 BEEB.
Le stage d’orientation se déroule de la mi-avril à la mi-juin. Il peut être effectué dans une structure publique ou privée et peut porter sur un projet de recherche ou sur une finalité opérationnelle. Le sujet de stage doit être en lien avec le projet professionnel et permettre de mobiliser les compétences acquises au cours de la formation.
Organisation et évaluation
S’agissant des UE, l’évaluation peut prendre la forme d’un contrôle continu, d’un examen en fin de semestre ou d’un rapport accompagné d’une présentation orale (UE stage d’orientation). Un jury est organisé à la fin de chaque semestre (début février et fin juin). Le jury de première année est programmé début juillet après la session de rattrapage pour les UE évaluées par examen (fin juin).
Contenu détaillé des enseignements
Concepts en Ecologie et Evolution
L’objectif est de renforcer les bases conceptuelles des étudiant(e)s en biologie évolutive, avec un accent sur l’analyse des caractères phénotypiques et l’évolution moléculaire des génomes. Cette UE permet d’acquérir des compétences méthodologiques liées à la collecte, l’analyse et la modélisation de données biologiques utiles pour tester des prédictions théoriques (TP : 9h / TD : 16,5h / CM : 35h).
- Transition évolutive majeure et mécanismes adaptatifs à différents niveaux d’intégration biologique
- Identification des mécanismes adaptatifs et des contraintes qui guident l’évolution des caractères (optimisation, théorie des jeux) et les limites (allométrie, trade-offs, inertie phylogénétique)
- Évolution en environnement variable (macro et micro-évolution) et implications climatiques
- Évolution moléculaire (taux de GC, horloge moléculaire, taille des génomes, dynamique des transposons, évolvabilité)
- Impact des transferts horizontaux de gènes dans les trajectoires évolutives
Equipe pédagogique: organisation pédagogique générale (sans noms propres).
Technologies d’Acquisition de Données
Les dix dernières années ont vu émerger des technologies qui ont bouleversé le type et la taille des jeux de données en biologie. Cette UE méthodologique met en œuvre ces avancées de manière pratique (CM : 12h / TD : 9h / TP : 39h).
Les cours magistraux présentent un panorama des dernières avancées et leurs applications en biologie. Chaque étudiant choisit ensuite 3 TP parmi 4 propositions :
- Données omiques : nouvelles techniques de séquençage et analyse des lectures
- Isotopes stables
- PCR quantitative pour estimer l’expression génique, le nombre de cellules ou d’éléments génétiques
- Système d’information géographique (SIG) : initiation en 4 séances visant à maîtriser les bases des SIG et à réaliser des manipulations (superposition, projection, géoréférencement, interroger des bases, analyse spatiale)
Une partie des analyses issues des TP est intégrée dans l’UE Analyse de Données Biologiques.
Équipe pédagogique : coordination entre les chercheurs des laboratoires partenaires.
Analyse de Données Biologiques
Face à la complexité et à la variabilité du vivant et au développement de nouvelles méthodes d’acquisition de données, les notions de planification expérimentale et d’outils statistiques sont essentielles pour comprendre le fonctionnement et l’évolution des systèmes biologiques.
Objectifs : i) sensibiliser à l’importance d’une planification expérimentale rigoureuse et d’une analyse statistique adaptée, ii) introduire des méthodes d’analyses transversales (par ex. multivariées) dans divers domaines (biologie moléculaire, écologie, etc.).
Planification expérimentale (TD sous R : 15h / CM : 18h) ; Analyse sous R et Galaxy : exploration des relations entre variables et structure des données (ACP/AFC), analyse de données de séquençage et interprétation de phylogénies. Des approches plus avancées seront abordées dans l’UE EEQ.
Équipe pédagogique : coordonnée par des enseignants et chercheurs.
Génétique et Génomique Evolutives
Ce module aborde l’évolution des génomes en lien avec les traits d’histoire de vie. Il présente les mécanismes moléculaires et populationnels impliqués dans la dynamique des génomes et l’adaptation, et se divise en deux volets : génomique évolutive et génétique des populations. Le cours est complété par des TD et TP et des analyses d’articles scientifiques par les étudiants.
Génomique évolutive : mécanismes évolutifs à l’œuvre dans la dynamique des génomes et indicateurs moléculaires des processus évolutifs.
- Évolution de la composition en bases et liens avec les traits d’histoire de vie
- Évolution des symbiotes et des transpositions
- Sexe, recombinaison et évolution des chromosomes sexuels
- Transition du génotype au phénotype
Génétique des populations : cours en trois volets avec TP associés : mesure de diversité et structuration, reconstruction de l’histoire évolutive (coalescence, ABC), détection de sélection et variabilité des traits quantitatifs.
Équipe pédagogique : coordination sans noms propres.
Fonctionnement des écosystèmes : le CAS des milieux aquatiques
Objectif : acquérir des connaissances théoriques sur le fonctionnement des écosystèmes d’eaux douces et d’eaux souterraines, et étudier le transfert de matières et d’énergie et l’influence des facteurs géomorphologiques et hydrogéologiques sur la biodiversité des communautés.
Contenus : concepts d’hydrosystème, contraintes physiques et chimiques, transferts et flux de matière, dynamique de l’azote et du phosphore, groupes trophiques, et synthèse B-EF (biodiversité et fonctionnement).
TP de terrain et expérimentation : flux de matière, dégradation de la matière organique, approche fonctionnelle d’un écotone (karst) et relations trophiques.
Équipe pédagogique : coordination et intervenants des institutions partenaires.
Anglais
Traduction et compétences linguistiques en anglais adaptées au contexte académique et professionnel.
Biologie et Ecologie du Comportement
Objectif : comprendre les déterminants et les conséquences des comportements animaux et humains en utilisant l’éthologie et l’écologie comportementale. En activateur pédagogique, le module comprend TP (20 h), TD (19 h) et CM (21 h). L’enseignement adopte une pédagogie de classe inversée et se décline autour de trois axes :
- Causes immédiates du comportement (stimulus et réponse)
- Causes ultimes (relation comportement et succès reproducteur)
- Causes ontogénétiques (plasticité, apprentissage et culture)
TD : démarche hypothético-déductive et modélisation autour de thèmes tels que l’optimal foraging, la distribution idéale et l’évolution de la ritualisation, ainsi que l’influence de la sélection sur les comportements sociaux.
TP : expériences de longue durée avec restitution écrite (article) et présentation orale (exemple : effet d’audience sur le comportement territorial chez un poisson, décision collective et recrutement chez une colonie de fourmis).
Équipe pédagogique : coordination sans noms propres.
Bioindications et Adaptations
Tout au long du gradient d’adaptation, les organismes et les communautés servent de bioindicateurs. L’objectif est de donner les bases pour l’utilisation de la bioindication, notamment végétale, afin de caractériser les habitats terrestres.
Contenus : gradient d’accommodation–adaptation, systématique végétale appliquée à la bioindication, cartographie des habitats, stages de terrain et caractérisation régionale des milieux.
Équipe pédagogique : coordination sans noms propres.
Macroécologie, Planète, Paysage
Objectif : fournir les notions clés pour comprendre la répartition et l’abondance de la biodiversité à l’échelle régionale et globale ainsi que sur de longues périodes temporelles.
Cours (24h) : notions d’espèces, niches et communautés; dispersion et spéciation; facteurs influençant la richesse et les gradients géographiques; traits biologiques et leur variation; dynamique climatique et effets sur les paysages; impacts des changements climatiques passés sur la biodiversité; écologie des paysages et liens entre communauté et paysage pour la gestion et la conservation.
TD (10h) et TP (26h) : modèles numériques, SIG et sorties terrain (stations d’écologie et analyses de la biodiversité dans des zones humides).
Équipe pédagogique : coordination sans noms propres.
Conservation de la biodiversité
UE axée sur les enjeux de conservation et les outils multidisciplinaires (écologie comportementale, démographie et génétique des populations, écologie des communautés, biologie évolutive). L’objectif est d’intégrer ces approches pour guider ou évaluer les dispositifs réglementaires et les plans d’action en matière de conservation.
Cours (12h) : introduction sur les niveaux de biodiversité et les menaces; mécanismes de déclin et d’extinction; outils et approches de gestion issus du paradigme des petites populations, illustrés par des cas concrets. Au niveau communautaire, les problématiques de conservation s’examinent à la lumière des théories d’écologie des communautés et de la biogéographie insulaire pour proposer des options de gestion des milieux. Le cours aborde également l’intégration des concepts dans les politiques nationales et régionales (Trame Verte et Bleue, schémas régionaux).
Travaux dirigés (11h) et travaux pratiques (37h) visent à doter les étudiants d’une expertise opérationnelle sur les outils utilisés en biologie de la conservation. Les TP se font principalement sur support informatique (R, E-Surge, ULM, Genetix, Structure) et couvrent : gestion intégrative des milieux et des écosystèmes, évaluation de la viabilité des populations (paramètres démographiques et projections), et aspects génétiques en conservation (hybridation, structuration et diversité génétique, génétique du paysage).
Équipe pédagogique : coordination sans noms propres.
Diagnostic écologique des milieux aquatiques
UE de terrain visant à présenter le continuum entre approches fondamentales et aspects appliqués de la biosurveillance des milieux aquatiques. Les étudiants réaliseront un diagnostic écologique à l’aide d’outils permettant d’évaluer le bon état écologique des masses d’eau (TP et TD).
Thèmes : indicateurs environnementaux (habitat disponible vs utilisé), relations trophiques poissons/invertébrés, traits biologiques; hétérogénéité spatiale de l’habitat et occupation par la faune des eaux de surface, biodiversité des épibenthiques; mise en œuvre des méthodes de bioévaluation (IBGN, DCE/I2M2 pour les invertébrés et IPR pour les poissons).
Équipe pédagogique : coordination et intervenants sans noms propres.
Écologie et évolution quantitatives
Cette UE permet d’analyser des données issues de la littérature avec des modèles statistiques et dynamiques autour de trois axes : l’évolution des génomes et l’inertie phylogénétique, les suivis temporels et spatiaux en écologie (modèles linéaires généralisés et autocorrélation spatiale), et la dynamique des populations et les analyses de survie (modèles de Leslie et modèles de durée de vie).
Équipe pédagogique : coordination sans noms propres.
Bioinformatique et modélisation en écologie
Première approche des applications de l’informatique et des mathématiques en biologie. Cette UE est composée de deux volets, chacun comptant pour la validation :
- Bioinformatique : programmation axée sur l’efficacité (R et Python), comparaison des langages et applications en biomathématiques (simulation de systèmes dynamiques, ESS)
- Biomathématiques : modélisation de dynamiques de populations soumises à des facteurs de stress environnementaux (théorie des jeux, systèmes dynamiques, modélisation discrète, effets de stress sur les traits d’histoire de vie) avec travaux pratiques et TP utilisant R
Interactions parasitaires et mutualistes des gènes aux écosystèmes
Ce module explore la diversité et l’importance des interactions entre hôtes et symbiotes (parasites, mutualistes, commensaux) dans l’écologie et la santé. Ces interactions — durables et multipartenaires — impliquent toutes les formes de vie et exigent une approche pluridisciplinaire prenant en compte les différentes échelles du vivant et les champs comme la génétique, l’immunologie, l’épidémiologie, l’évolution et l’écologie. L’objectif est d’expliquer comment ces associations influencent le fonctionnement et l’évolution du vivant, du génome à l’écosystème, et d’illustrer les applications possibles en santé et en gestion durable.
Responsable et intervenants : coordination au sein du LabEx Ecofect.
Stage
Les stages durent de 7 à 8 semaines. Des offres de stage sont accessibles sur Claroline et portent sur des sujets variés, par exemple :
- Analyse dose-réponse de données multi-omiques sur des animaux modèles pour comprendre les effets chroniques des rayonnements ionisants à faible dose
- Analyse statistique et rédaction d’un bilan de suivi scientifique par piégeage d’écrevisses de Louisiane sur un site ENS — retour et bilan après 6 ans de suivi
- Stage botanique et gestion écologique
- Plasticité comportementale du poisson face aux fluctuations thermiques environnementales
- De la ferme au labo : impact du mode de vie sur l’oreille interne de la souris domestique
- Impact d’une infection virale sur le succès reproducteur chez la drosophile
- Analyse des longs ARN non codants dérivés d’éléments transposables dans le placenta canin
- Évolution de l’hydroécosystème du lac Iffer depuis 6000 ans (Moyen Atlas, Maroc) — analyse paléoécologique
- Évolution des mitogénomes de souris : phylogéographie et évolution moléculaire
Les détails des offres et leur consultation se font via Claroline.
- Une formation Université Lyon 1 - 17 mars 2026
- Bioévaluation des écosystèmes et expertise de la biodiversité (BEEB) - 17 mars 2026
- Ecologie, évolution, génomique (EEG) - 17 mars 2026
